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Les premiers signes inquiétants sont apparus il y a plusieurs décennies, lorsque les grenouilles, les crapauds et les salamandres ont commencé à disparaitre de façon mystérieuse dans plusieurs régions du monde telles que l’Australie, le Costa Rica et l’Équateur. En 1990, des scientifiques ont observé le décès d’amphibiens dans le monde entier. La raison était un champignon qui attaque la peau et mange ces animaux vivants.
L’une des manifestations les plus spectaculaires de l’actuelle crise mondiale de la biodiversité est le déclin des amphibiens. La seconde évaluation mondiale des amphibiens, publiée dans Nature en 2023 et portant sur 8 011 espèces, estime que 40,7 % des espèces d’amphibiens sont menacées d’extinction, ce qui en fait le groupe de vertébrés le plus menacé à l’échelle mondiale. Parmi les causes de cette crise figurent la destruction des habitats, le changement climatique, les espèces invasives et les maladies infectieuses. L’une des plus dévastatrices est la chytridiomycose provoquée par le champignon Batrachochytrium dendrobatidis (Bd), associé à des déclins massifs de populations de grenouilles, crapauds et autres amphibiens depuis la seconde moitié du XXe siècle.
La chytridiomycose est une maladie infectieuse de la peau des amphibiens. Batrachochytrium dendrobatidis (Bd) est un champignon chytride microscopique et parasite qui colonise les tissus kératinisés : principalement les pièces buccales chez les têtards et l’épiderme chez les juvéniles et les adultes. Chez les animaux fortement atteints, l’infection perturbe les fonctions essentielles de la peau, notamment les échanges d’électrolytes et d’eau. Les concentrations sanguines en sodium et en potassium peuvent alors chuter fortement et conduire, dans les cas graves, à un arrêt cardiaque.
La sensibilité varie cependant considérablement selon les espèces, les populations, le stade de développement, les défenses immunitaires, le microbiote cutané, la souche du champignon et les conditions environnementales. Certains amphibiens peuvent être porteurs sans développer de maladie mortelle et constituent ainsi des réservoirs potentiels du pathogène.
En France, Bd a notamment été détecté chez la Grenouille taureau (Lithobates catesbeianus), espèce capable de tolérer l’infection, et a été associé à des épisodes de mortalité d’amphibiens dans les Pyrénées, en particulier chez le Crapaud accoucheur (Alytes obstetricans). Il existe par ailleurs un second chytride pathogène, Batrachochytrium salamandrivorans (Bsal), particulièrement dangereux pour les salamandres et les tritons.
Une évaluation mondiale publiée dans Science en 2019 a estimé que la chytridiomycose avait contribué au déclin d’au moins 501 espèces d’amphibiens au cours des décennies précédentes, dont 90 considérées comme éteintes ou présumées éteintes. Parmi les espèces touchées figurent notamment des grenouilles montagnardes de la Sierra Nevada et plusieurs espèces d’Amérique centrale. Selon cette étude, 39 % des espèces affectées continuaient alors de décliner et seulement 12 % montraient des signes de récupération.
Toutefois, ces chiffres ont fait l’objet d’un débat scientifique en 2020, auquel les auteurs de l’étude initiale ont répondu. Le nombre exact d’espèces dont le déclin est directement imputable à Bd reste donc difficile à établir, notamment parce que les données historiques sont très inégales selon les régions.
La présence du champignon est en revanche extrêmement étendue. Une compilation mondiale publiée en 2021 recensait Bd chez 1 375 des 2 525 espèces d’amphibiens testées et dans 93 des 134 pays où des recherches avaient été menées. Ces chiffres traduisent à la fois la diffusion exceptionnelle du pathogène et l’intensification des campagnes de dépistage.
Les conséquences les plus sévères documentées concernent notamment les anoures — grenouilles et crapauds — de grande taille, à aire de répartition restreinte et vivant dans des climats frais ou humides des Amériques et d’Australie. Toutefois, la simple présence de Bd n’entraîne pas nécessairement une mortalité : l’issue de l’infection dépend d’interactions complexes entre le champignon, l’hôte et son environnement.
Le champignon Batrachochytrium dendrobatidis se répand en Afrique
Dans un article publié dans Frontiers in Conservation Science en 2023, une équipe internationale a reconstitué sur 165 ans l’évolution de Bd sur le continent africain. Les chercheurs ont analysé 4 623 spécimens et échantillons et compilé 12 297 données déjà publiées, couvrant une période allant de 1852 à 2017.
Leurs résultats montrent une faible prévalence globale du champignon et une distribution encore limitée entre 1852 et 1999 : environ 3,2 % des amphibiens étudiés étaient alors positifs. Après 2000, cette proportion atteint 18,7 %, parallèlement à une forte extension géographique de Bd.
Plusieurs lignées génétiques du champignon circulent en Afrique. Parmi elles figurent Bd-CAPE, historiquement associée à l’Afrique australe, et la lignée panzootique mondiale Bd-GPL (Global Panzootic Lineage), largement répandue et associée à de nombreux épisodes de mortalité dans le monde.
Les modèles établis par les chercheurs indiquent une vulnérabilité particulièrement élevée dans de vastes zones d’Afrique de l’Est, d’Afrique centrale et d’Afrique de l’Ouest. Les auteurs soulignent néanmoins que le continent reste moins étudié que d’autres régions du monde et que l’absence d’épidémies documentées ne signifie pas nécessairement qu’elles n’ont pas eu lieu.
La chytridiomycose agit par ailleurs rarement de manière isolée. Perte et fragmentation des habitats, pollution, changement climatique, espèces invasives et autres pressions peuvent diminuer la capacité des populations d’amphibiens à résister à l’infection ou à se rétablir après une épidémie. Les maladies et la destruction des habitats ont joué un rôle majeur dans les détériorations du statut de conservation des amphibiens à la fin du XXe siècle, tandis que le changement climatique est devenu depuis une menace de plus en plus importante.
À l’échelle mondiale, la panzootie de chytridiomycose due à Bd est considérée comme l’une des maladies infectieuses ayant provoqué les pertes de biodiversité les plus importantes jamais documentées chez les vertébrés sauvages.
À Yosemite, le champignon prolifère pendant la dormance hivernale
Une étude publiée le 23 septembre 2026 dans Functional Ecology bouleverse ce que l’on pensait savoir sur la saisonnalité de Bd. Le champignon est généralement associé aux milieux frais et humides et ses zoospores mobiles sont aquatiques. Pourtant, chez le Crapaud de Yosemite (Anaxyrus canorus), les infections augmentent spectaculairement lorsque les jeunes animaux passent l’hiver à terre, dans des refuges souterrains recouverts d’un épais manteau neigeux.
Dave Daversa et ses collègues ont étudié les crapauds de six prairies d’altitude de la région de Tioga Pass, dans le parc national de Yosemite, entre 2021 et 2023. Plus de 1 800 prélèvements ont été analysés. À la fin de leur première saison active, juste avant leur première dormance hivernale — plus précisément une brumation, équivalent de l’hibernation chez les amphibiens et reptiles — environ 23,2 % des jeunes crapauds étaient positifs à Bd.
Lorsque les mêmes cohortes sont ressorties de leurs refuges au printemps, plus de 90 % des jeunes étaient infectés. La prévalence avait donc plus que quadruplé pendant la période où les animaux étaient enfouis sous terre. L’intensité des infections avait elle aussi fortement augmenté et restait élevée au cours des semaines suivant la sortie de dormance.
Le résultat est d’autant plus surprenant que les crapauds adultes présents dans les mares au moment de la reproduction — un environnement a priori beaucoup plus favorable à un champignon produisant des zoospores aquatiques — étaient globalement moins fréquemment et moins intensément infectés que les jeunes crapauds terrestres venant de passer l’hiver sous terre.
Le mécanisme exact reste inconnu. Plusieurs scénarios sont envisagés : de très faibles infections présentes avant l’hiver pourraient se multiplier jusqu’à devenir facilement détectables ; le champignon pourrait être transmis depuis l’environnement des terriers ; ou les crapauds regroupés dans certains refuges pourraient se transmettre directement le pathogène. Le microclimat des terriers ainsi que les profondes modifications physiologiques accompagnant la dormance pourraient également intervenir.
Cette découverte montre surtout que les périodes considérées comme « défavorables » au pathogène peuvent jouer un rôle essentiel dans son maintien d’une année sur l’autre. La dormance hivernale terrestre pourrait donc avoir été sous-estimée dans l’épidémiologie de Bd chez de nombreuses espèces tempérées.
L’étude a déjà eu une conséquence pratique. Les gestionnaires du parc de Yosemite ont adapté leur programme d’élevage conservatoire et de réintroduction : les crapauds élevés en captivité sont désormais relâchés lorsqu’ils sont plus âgés et pleinement matures, plutôt qu’au stade de jeunes métamorphes, particulièrement vulnérables lors de leur premier hiver.
La mondialisation des échanges favorise la propagation des pathogènes
La diffusion mondiale de Bd n’est vraisemblablement pas indépendante des activités humaines. Une étude génomique publiée dans Science en 2018 a identifié l’Asie de l’Est, et notamment la péninsule coréenne, comme un important foyer de diversité ancestrale du champignon. Les analyses suggèrent que la panzootie moderne a émergé au début du XXe siècle, au moment où le commerce international d’amphibiens connaissait une forte expansion.
Le transport d’amphibiens pour l’alimentation, l’élevage, les laboratoires ou le commerce des animaux de compagnie permet à différentes lignées de Bd de franchir des barrières géographiques qui les séparaient auparavant de populations sensibles. Les espèces tolérantes, comme la Grenouille taureau, peuvent en outre transporter le champignon sans subir les mêmes mortalités que des espèces naïves.
Des travaux publiés en 2026 renforcent cette hypothèse pour certaines lignées : l’histoire génétique et commerciale de Bd-BRAZIL est notamment compatible avec une dispersion internationale associée au commerce de Grenouilles taureaux.
Une fois Bd installé durablement dans un écosystème, son éradication est extrêmement difficile. La prévention reste donc une priorité : contrôle sanitaire des amphibiens commercialisés, limitation du déplacement d’animaux infectés, surveillance des populations sauvages et désinfection du matériel utilisé entre différents sites aquatiques ou zones de prospection.
Les stratégies de conservation doivent cependant être adaptées aux situations locales. Elles peuvent inclure l’élevage conservatoire d’espèces très menacées, des réintroductions choisissant les stades de développement les moins vulnérables, la restauration des habitats ou encore des interventions expérimentales sur le microbiote cutané et les défenses immunitaires. Il n’existe actuellement aucune solution unique permettant d’éliminer Bd à grande échelle dans la nature.
La biosécurité reste particulièrement importante dans les régions encore indemnes ou abritant des espèces très sensibles. Empêcher l’arrivée de nouvelles lignées peut également éviter des phénomènes de coexistence ou d’hybridation entre souches dont les conséquences épidémiologiques restent difficiles à prévoir.
Un virus du champignon : une piste encore très exploratoire
En avril 2024, des chercheurs ont annoncé dans la revue Current Biology la découverte d’un virus associé à Batrachochytrium dendrobatidis. Baptisé BdDV-1, il s’agit d’un virus à ADN simple brin intégré au génome de certaines souches du champignon. Cette découverte est remarquable car la majorité des mycovirus connus possèdent un génome à ARN.
Les souches de Bd porteuses de BdDV-1 présentent des caractéristiques différentes : leur croissance en laboratoire est réduite, mais l’étude les associe également à une virulence accrue. Le virus n’a en outre pas été retrouvé dans les souches étudiées appartenant à la principale lignée panzootique mondiale Bd-GPL.
Ces résultats rendent l’idée d’utiliser ce virus contre Bd intéressante sur le plan fondamental mais il faudra comprendre comment BdDV-1 se transmet, comment il modifie la biologie du champignon et pourquoi une diminution de sa croissance peut coexister avec une augmentation de sa virulence avant d’envisager une quelconque application de biocontrôle.
Pourquoi certaines populations finissent-elles par résister ?
Une autre étude publiée en juillet 2026 dans Nature Chemical Biology apporte une pièce supplémentaire au puzzle. Des chercheurs ont comparé quatre populations de Crapauds accoucheurs (Alytes obstetricans) des Pyrénées ayant toutes subi de fortes épidémies de Bd. Trois populations sont depuis parvenues à coexister de manière relativement stable avec le champignon, tandis qu’une quatrième continue de subir de fortes infections et des mortalités saisonnières.
Les chercheurs ont découvert une différence dans la maturation des peptides antimicrobiens sécrétés par la peau, une composante importante de l’immunité innée. Dans les populations ayant retrouvé une dynamique stable, ces défenses antimicrobiennes efficaces contre Bd avaient tendance à devenir fonctionnelles plus tôt, parfois dès le stade larvaire. À l’inverse, les jeunes métamorphes dont les défenses étaient encore immatures étaient beaucoup plus associés aux situations épidémiques.
Ces résultats ne signifient pas que les amphibiens deviennent universellement « immunisés » contre Bd. Ils montrent plutôt que la vitesse de maturation des défenses cutanées peut contribuer à expliquer pourquoi des populations d’une même espèce connaissent des destins très différents face au même pathogène. Associées aux travaux de Yosemite, ces observations soulignent à quel point le stade de développement et la saison constituent des périodes critiques dans la vulnérabilité des amphibiens.
La lutte contre la chytridiomycose ne repose donc plus uniquement sur la question de savoir où se trouve le champignon. Comprendre quand les animaux sont les plus vulnérables, comment leurs défenses se développent et dans quels refuges le pathogène persiste pourrait devenir tout aussi important pour concevoir des programmes de conservation efficaces.
